Николас Пареха начал профессиональную карьеру в клубе «Архентинос Хуниорс», воспитанником которого он был. Он дебютировал в основном составе команды 11 сентября 2004 года в матче чемпионата Аргентины с клубом «Арсенал» (Саранди), в котором его команда победила 1:0. После этого Пареха стал выступать за первый состав «Архентинос». С 2005 года Николас стал твёрдым игроком основы клуба. 11 февраля 2006 года он забил свой первый мяч за клуб, поразив ворота «Индепендьенте». Всего в «Хуниорс» Пареха выступал два сезона, проведя 53 матча и забив 2 гола.
27 июня 2006 года Пареха уехал в Европу, в бельгийский «Андерлехт», который искал замену для Венсана Компани, перешедшего в «Гамбург», стоимость трансфера составила 2 миллиона евро. Контракт был подписан на 4 года. 20 августа 2006 года Пареха дебютировал в составе клуба в матче с «Вестерло». 13 сентября того же года Николас забил первый мяч в составе «Андерлехта», поразив ворота «Лилля» в матче Лиги чемпионов; игра завершилась со счётом 1:1. В октябре аргентинец получил травму колена и выбыл из строя на месяц. В бельгийском клубе Пареха в первом же сезоне выиграл Суперкубок Бельгии и чемпионат страны. Правда, сам Нико пропустил остаток сезона из-за травмы колена. Во втором сезоне он выиграл свой второй Суперкубок Бельгии и стал обладателем Кубка Бельгии.
После удачного выступления на Олимпиаде 2008 Парехой заинтересовались «Эспаньол» и «Тоттенхэм Хотспур». 1 сентября 2008 года Пареха перешёл в «Эспаньол», сумма трансфера составила 5 млн евро. Заработная плата футболиста составила 570 тыс евро годовых.
24 сентября 2008 года Пареха дебютировал в составе «Эспаньола» в матче чемпионата Испании с «Севильей», в котором его клуб проиграл 0:2. 11 января 2009 года он забил первый мяч в составе «Эспаньола» в ворота «Альмерии»; игра завершилась вничью 2:2. 1 февраля 2009 года в матче чемпионата Испании с «Рекреативо» Пареха встал в ворота, сменив удалённого вратаря, и пропустил гол с пенальти. Всего каталонском клубе Пареха провёл два года, выступая на позиции центрального защитника вместе с Даниэлем Харке, а затем Виктором Руисом, сыграв в 58 матчах и забив 3 гола. В обоих своих сезонах Пареха включался в символические сборные чемпионата Испании. В нескольких матчах Николас выводил свою команду на поле с капитанской повязкой. Во втором своём сезоне в Испании Пареха получил 3 красные карточки, став по этому показателю, вместе с ещё двумя игроками, рекордсменом года среди всех футболистов; при этом, одну из красных карточек аргентинец заработал, получив две жёлтые карточки за одну минуту. Также часть этого сезона Парехо пропустил из-за травмы связок левого колена.
Летом 2010 года Парехой заинтересовались два российских клуба, «Зенит» и ЦСКА, а также «Атлетико Мадрид», «Севилья», «Валенсия» и мюнхенская «Бавария». 30 июля 2010 года другой российский клуб — московский «Спартак», который следил за выступлениями защитника 2 года, согласовал с «Эспаньолом» условия трансфера аргентинца, обошедшегося красно-белым в 7 или 10 млн евро. 4 августа Пареха официально подписал контракт со «Спартаком» на 4 года с заработной платой в 3 млн евро за сезон.
21 августа, в игре чемпионата России с «Томью», Пареха дебютировал в составе «Спартака»; матч завершился победой «красно-белых» 4:2. 15 сентября того же года Пареха дебютировал в Лиге чемпионов против «Марселя», в которой «красно-белые» победили 1:0. 20 ноября Пареха был удалён в матче с ЦСКА, грубо сыграв против Вагнера Лава; за этот эпизод Николас был дисквалифицирован на 3 игры. Всего в первом сезоне в «Спартаке» Пареха сыграл 16 матчей.
Достижения
Чемпион Бельгии: 2006-2007
Обладатель Суперкубка Бельгии: 2006, 2007
Обладатель Кубка Бельгии: 2007/08
Чемпион летних Олимпийских игр: 2008
